version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G10340.1

Summary of Gene (AT3G10340.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G10340  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G10340.1  
Description Phenylalanine ammonia-lyase 4 (PAL4); FUNCTIONS IN: ammonia-lyase activity, ammonia ligase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: L-phenylalanine catabolic process, biosynthetic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phenylalanine/histidine ammonia-lyase (InterPro:IPR001106), L-Aspartase-like (InterPro:IPR008948), Phenylalanine ammonia-lyase (InterPro:IPR005922); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pal1 (Phe ammonia lyase 1); phenylalanine ammonia-lyase (TAIR:AT2G37040.1); Has 3125 Blast hits to 3120 proteins in 832 species: Archae - 21; Bacteria - 1672; Metazoa - 68; Fungi - 91; Plants - 781; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 492 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3203260-3204459)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G10340.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10340.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+3204013-247

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+3204013-247
TSS cloneCclone+3204027-233
TSS cloneAclone+3204186-74

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCTC+32040043204012-256-248
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGACACGTGGT+32038683203878-392-382
 AtREG470AGACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG382  ACACGTGG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG544   CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTCTGACGGT+32039113203919-349-341
 AtREG622TCTGACGG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG625 CTGACGGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACCCGAC+32039383203945-322-315
 AtREG580AACCCGAC PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.