PlantPromoterDB promoter information of AT3G10370

Summary of Gene (AT3G10370)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10370 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10370
Description	mitochondrial FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase. possibly involved in storage lipid catabolism and glycerol assimilation, and in glycerol-3-phosphate shuttle which transports reducing power from cytosol to mitochondrion.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3237402-3238601)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G10370 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G10410.1 AT3G10415 AT3G10415.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10370

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 3216394 -108

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	3216394	-108

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 3216395 -107

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3216395	-107

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCTTCTT + 3216419 3216433 -83 -69

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCTTCTT`	+	3216419	3216433	-83	-69
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCCCACT + 3216239 3216246 -263 -256

AtREG510 AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCCCACT`		+	3216239	3216246	-263	-256
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 34 - 3238082 AT3G10410.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	34	-	3238082	AT3G10410.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 3238116 AT3G10410.1

TSS clone A clone - 3238096 AT3G10410.1

TSS clone G clone - 3238084 AT3G10410.1

TSS clone C clone - 3238081 AT3G10410.1

TSS clone A clone - 3238073 AT3G10410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	3238116	AT3G10410.1
TSS clone	`A`	clone	-	3238096	AT3G10410.1
TSS clone	`G`	clone	-	3238084	AT3G10410.1
TSS clone	`C`	clone	-	3238081	AT3G10410.1
TSS clone	`A`	clone	-	3238073	AT3G10410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTGCCACGTGTAC - 3238143 3238155 AT3G10410.1

AtREG468 CTGCCACG      ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382    CCACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453     CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG562      ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG AATAGCCC - 3238200 3238207 AT3G10410.1

AtREG584 AATAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGGACCCAC - 3238323 3238332 AT3G10410.1

AtREG596 TGGGACCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 GGGACCCA ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG523   GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif