PlantPromoterDB promoter information of AT3G10415

Summary of Gene (AT3G10415)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10415 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10415
Description	pre-tRNA

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3239402-3238203)

`Genome position` `AT3G10415.1 TSS from cDNA TSS information AT3G10415 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G10420.1 AT3G10420.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10415

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 + 3239206 AT3G10420.2, AT3G10420.1

TSS peak G 4 + 3239306 AT3G10420.2, AT3G10420.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	+	3239206	AT3G10420.2, AT3G10420.1
TSS peak	`G`	4	+	3239306	AT3G10420.2, AT3G10420.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 3239180 AT3G10420.2, AT3G10420.1

TSS clone G clone + 3239207 AT3G10420.2, AT3G10420.1

TSS clone A clone + 3239210 AT3G10420.2, AT3G10420.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	3239180	AT3G10420.2, AT3G10420.1
TSS clone	`G`	clone	+	3239207	AT3G10420.2, AT3G10420.1
TSS clone	`A`	clone	+	3239210	AT3G10420.2, AT3G10420.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTCCTC + 3239157 3239165 AT3G10420.1, AT3G10420.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTCCTC`	+	3239157	3239165	AT3G10420.1, AT3G10420.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AATAGCCC - 3238200 3238207 AT3G10410.1

AtREG584 AATAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGGACCCAC - 3238323 3238332 AT3G10410.1

AtREG596 TGGGACCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 GGGACCCA ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG523   GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TCCACGTGGCGCCACGTG + 3238925 3238942 AT3G10420.1, AT3G10420.2

AtREG408 TCCACGTG           ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG367   CACGTGGCGCCACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG371    ACGTGGCGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG TCAAAACG + 3239120 3239127 AT3G10420.1, AT3G10420.2

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGTCGTTTC + 3239129 3239137 AT3G10420.1, AT3G10420.2

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif