PlantPromoterDB promoter information of AT3G10420.2

Summary of Gene (AT3G10420.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10420 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10420.2
Description	sporulation protein-related; FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, nucleotide binding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP binding / ATP-dependent peptidase/ nucleoside-triphosphatase/ nucleotide binding / serine-type endopeptidase (TAIR:AT1G73170.1); Has 837 Blast hits to 828 proteins in 331 species: Archae - 16; Bacteria - 586; Metazoa - 12; Fungi - 5; Plants - 64; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 154 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3238307-3239506)

`Genome position from initiation codon` `AT3G10420.1 TSS from cDNA TSS information AT3G10420.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G10415 AT3G10415.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10420.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 3239206 -101

TSS peak G 4 + 3239306 -1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	3239206	-101
TSS peak	`G`	4	+	3239306	-1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 3239180 -127

TSS clone G clone + 3239207 -100

TSS clone A clone + 3239210 -97

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	3239180	-127
TSS clone	`G`	clone	+	3239207	-100
TSS clone	`A`	clone	+	3239210	-97

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTCCTC + 3239157 3239165 -150 -142

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTCCTC`	+	3239157	3239165	-150	-142
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCACGTGGCGCCACGTG + 3238925 3238942 -382 -365

AtREG408 TCCACGTG           ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG367   CACGTGGCGCCACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG371    ACGTGGCGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG TCAAAACG + 3239120 3239127 -187 -180

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGTCGTTTC + 3239129 3239137 -178 -170

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCACGTGGCGCCACGTG`		+	3238925	3238942	-382	-365
	AtREG408	`TCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG367	`CACGTGGCGCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG371	`ACGTGGCGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`TCAAAACG`		+	3239120	3239127	-187	-180
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGTCGTTTC`		+	3239129	3239137	-178	-170
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG576	`GTCGTTTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGGGACCCAC - 3238323 3238332 AT3G10410.1

AtREG596 TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 GGGACCCA ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG523 GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif