PlantPromoterDB promoter information of AT3G10610.1

Summary of Gene (AT3G10610.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10610 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10610.1
Description	40S ribosomal protein S17 (RPS17C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S17e (InterPro:IPR001210), Ribosomal protein S17e, conserved site (InterPro:IPR018273); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40S ribosomal protein S17 (RPS17B) (TAIR:AT2G05220.2); Has 727 Blast hits to 727 proteins in 256 species: Archae - 117; Bacteria - 0; Metazoa - 270; Fungi - 97; Plants - 83; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 160 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3318459-3319658)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G10610.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10610.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 3319036 -423

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	3319036	-423

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3319036 -423

TSS clone C clone + 3319037 -422

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3319036	-423
TSS clone	`C`	clone	+	3319037	-422

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATT + 3318994 3319003 -465 -456

Y Patch CTTTCTTCT + 3319037 3319045 -422 -414

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATT`	+	3318994	3319003	-465	-456
Y Patch	`CTTTCTTCT`	+	3319037	3319045	-422	-414
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAACCGA + 3318884 3318892 -575 -567

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGGTTCAA + 3318894 3318901 -565 -558

AtREG640 CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTAACGG + 3318918 3318925 -541 -534

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TTATTGGG + 3318944 3318951 -515 -508

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAACCGA`		+	3318884	3318892	-575	-567
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGGTTCAA`		+	3318894	3318901	-565	-558
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTAACGG`		+	3318918	3318925	-541	-534
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TTATTGGG`		+	3318944	3318951	-515	-508
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 3319559 AT3G10620.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	3319559	AT3G10620.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTAACGG + 3319265 3319272 AT3G10620.1

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ATTTGGGC + 3319427 3319434 AT3G10620.1

AtREG421 ATTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGTTAAG + 3319481 3319488 AT3G10620.1

AtREG605 CGGTTAAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CACGTCAG + 3319496 3319503 AT3G10620.1

AtREG440 CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG