version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G10850.1

Summary of Gene (AT3G10850.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G10850  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G10850.1  
Description glyoxalase II cytoplasmic isozyme (Glx2-2) mRNA, complete  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3400522-3399323)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G10850.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
AT3G10860.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10850.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG20-3399573-51

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-3399572-50
TSS cloneAclone-3399569-47
TSS cloneCclone-3399566-44
TSS cloneGclone-3399564-42
TSS cloneGclone-3399552-30
TSS cloneGclone-3399550-28
TSS cloneAclone-3399548-26

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGGTTCGATCCGGTTTG-33996203399637-98-115
 AtREG575TCGGTTCG           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561        ATCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521         TCCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496          CCGGTTTG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTGAACCGGAT-33996683399678-146-156
 AtREG640TTGAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480 TGAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579  GAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561   AACCGGAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTCCGGTTCA-33996923399701-170-179
 AtREG534TTCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 TCCGGTTC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480  CCGGTTCA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG79+3399772AT3G10860.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+3399739AT3G10860.1
TSS cloneGclone+3399744AT3G10860.1
TSS cloneTclone+3399771AT3G10860.1
TSS cloneTclone+3399773AT3G10860.1
TSS cloneGclone+3399774AT3G10860.1
TSS cloneTclone+3399783AT3G10860.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGTGGAA+33995063399513AT3G10860.1
 AtREG627ACGTGGAA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTTCGGTTTAC+33996093399618AT3G10860.1
 AtREG568TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519  CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCAAACCGGATCGAACCGA+33996203399637AT3G10860.1
 AtREG496CAAACCGG           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 AAACCGGA          PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561  AACCGGAT         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG575          CGAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATCCGGTTCAA+33996683399678AT3G10860.1
 AtREG561ATCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 TCCGGTTC   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480  CCGGTTCA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG640   CGGTTCAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTGAACCGGAA+33996923399701AT3G10860.1
 AtREG480TGAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 GAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534  AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.