PlantPromoterDB promoter information of AT3G10915.3

Summary of Gene (AT3G10915.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10915 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10915.3
Description	reticulon family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Reticulon (InterPro:IPR003388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: reticulon family protein (RTNLB11) (TAIR:AT3G19460.1).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3418058-3416859)

`Genome position from initiation codon` `AT3G10915.1 AT3G10915.2 AT3G10915.4 AT3G10915.5 TSS from cDNA TSS information AT3G10915.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G10920.1 AT3G10920.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10915.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 3417778 -720

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	3417778	-720

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 3417724 -666

TSS clone T clone - 3417708 -650

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3417724	-666
TSS clone	`T`	clone	-	3417708	-650

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGAGCCCAAGGCCTTAA - 3417835 3417851 -777 -793

AtREG485 TGAGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 GAGCCCAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG416          GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATGGGCCGTA - 3417864 3417875 -806 -817

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499     GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGACACGTA - 3417892 3417900 -834 -842

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGAGCCCAAGGCCTTAA`		-	3417835	3417851	-777	-793
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTATGGGCCGTA`		-	3417864	3417875	-806	-817
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TGACACGTA`		-	3417892	3417900	-834	-842
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG557	`GACACGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 + 3417989 AT3G10920.1, AT3G10920.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	+	3417989	AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 3417987 AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS clone A clone + 3417989 AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS clone G clone + 3417990 AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS clone A clone + 3417994 AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS clone A clone + 3417999 AT3G10920.1, AT3G10920.2

TSS clone T clone + 3418007 AT3G10920.1, AT3G10920.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3417987	AT3G10920.1, AT3G10920.2
TSS clone	`A`	clone	+	3417989	AT3G10920.1, AT3G10920.2
TSS clone	`G`	clone	+	3417990	AT3G10920.1, AT3G10920.2
TSS clone	`A`	clone	+	3417994	AT3G10920.1, AT3G10920.2
TSS clone	`A`	clone	+	3417999	AT3G10920.1, AT3G10920.2
TSS clone	`T`	clone	+	3418007	AT3G10920.1, AT3G10920.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAAGGCCTTGGGCTCA + 3417835 3417851 AT3G10920.1, AT3G10920.2

AtREG416 TTAAGGCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG533         TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485          TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TACGGCCCATAA + 3417864 3417875 AT3G10920.1, AT3G10920.2

AtREG499 TACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACGTGTCA + 3417892 3417900 AT3G10920.1, AT3G10920.2

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG389 ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC