PlantPromoterDB promoter information of AT3G10920.2

Summary of Gene (AT3G10920.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10920 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10920.2
Description	manganese superoxide dismutase (MSD1)

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3417015-3418214)

`Genome position from initiation codon` `AT3G10920.1 TSS from cDNA TSS information AT3G10920.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G10915.1 AT3G10915.2 AT3G10915.3 AT3G10915.4 AT3G10915.5 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10920.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 3417989 -26

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	3417989	-26

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3417987 -28

TSS clone A clone + 3417989 -26

TSS clone G clone + 3417990 -25

TSS clone A clone + 3417994 -21

TSS clone A clone + 3417999 -16

TSS clone T clone + 3418007 -8

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3417987	-28
TSS clone	`A`	clone	+	3417989	-26
TSS clone	`G`	clone	+	3417990	-25
TSS clone	`A`	clone	+	3417994	-21
TSS clone	`A`	clone	+	3417999	-16
TSS clone	`T`	clone	+	3418007	-8

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAGGCCTTGGGCTCA + 3417835 3417851 -180 -164

AtREG416 TTAAGGCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG533         TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485          TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TACGGCCCATAA + 3417864 3417875 -151 -140

AtREG499 TACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACGTGTCA + 3417892 3417900 -123 -115

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG389 ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAGGCCTTGGGCTCA`		+	3417835	3417851	-180	-164
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG533	`TTGGGCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TACGGCCCATAA`		+	3417864	3417875	-151	-140
	AtREG499	`TACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TACGTGTCA`		+	3417892	3417900	-123	-115
	AtREG557	`TACGTGTC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 3417778 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	3417778	AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 3417724 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

TSS clone T clone - 3417708 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	3417724	AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5
TSS clone	`T`	clone	-	3417708	AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGAGCCCAAGGCCTTAA - 3417835 3417851 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

AtREG485 TGAGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 GAGCCCAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG416          GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATGGGCCGTA - 3417864 3417875 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499     GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGACACGTA - 3417892 3417900 AT3G10915.1, AT3G10915.2, AT3G10915.3, AT3G10915.4, AT3G10915.5

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC