PlantPromoterDB promoter information of AT3G11890.1

Summary of Gene (AT3G11890.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G11890 TAIR NCBI
Gene model	AT3G11890.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sterile alpha motif SAM (InterPro:IPR001660), Sterile alpha motif homology (InterPro:IPR010993), Sterile alpha motif homology 2 (InterPro:IPR011510); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G11860.1); Has 789 Blast hits to 453 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 495; Fungi - 83; Plants - 33; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3769726-3770925)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G11890.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G11910.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G11890.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 3755554 -472

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	3755554	-472

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3755542 -484

TSS clone A clone + 3755544 -482

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3755542	-484
TSS clone	`A`	clone	+	3755544	-482

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGGTTTAG + 3755338 3755346 -688 -680

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGGTTTAG`		+	3755338	3755346	-688	-680
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 3770422 AT3G11910.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	3770422	AT3G11910.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 3770380 AT3G11910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	3770380	AT3G11910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT - 3770373 3770381 AT3G11910.1

Y Patch CTTCCCTC - 3770383 3770390 AT3G11910.1

Y Patch TCTCTCCTTCT - 3770406 3770416 AT3G11910.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	-	3770373	3770381	AT3G11910.1
Y Patch	`CTTCCCTC`	-	3770383	3770390	AT3G11910.1
Y Patch	`TCTCTCCTTCT`	-	3770406	3770416	AT3G11910.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTAATTA - 3770463 3770470 AT3G11910.1

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TGTCACGT - 3770560 3770567 AT3G11910.1

AtREG606 TGTCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TACACGTGGA - 3770624 3770633 AT3G11910.1

AtREG453 TACACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG408   CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG GTCACGTGTA - 3770635 3770644 AT3G11910.1

AtREG583 GTCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG628 TCACGTGT DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453   CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG