PlantPromoterDB promoter information of AT3G11930

Summary of Gene (AT3G11930)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G11930 TAIR NCBI
Gene model	AT3G11930
Description	universal stress protein (USP) family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UspA (InterPro:IPR006016), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Universal stress protein A (InterPro:IPR006015); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: universal stress protein (USP) family protein (TAIR:AT3G58450.1); Has 734 Blast hits to 733 proteins in 134 species: Archae - 26; Bacteria - 262; Metazoa - 38; Fungi - 0; Plants - 389; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3775371-3776570)

`Genome position from initiation codon` `AT3G11930.1 AT3G11930.2 AT3G11930.3 AT3G11930.4 TSS from cDNA TSS information AT3G11930 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G11930

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 36 + 3776331 -40

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	36	+	3776331	-40

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 3776259 -112

TSS clone G clone + 3776327 -44

TSS clone A clone + 3776328 -43

TSS clone C clone + 3776330 -41

TSS clone A clone + 3776331 -40

TSS clone C clone + 3776332 -39

TSS clone A clone + 3776333 -38

TSS clone T clone + 3776338 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	3776259	-112
TSS clone	`G`	clone	+	3776327	-44
TSS clone	`A`	clone	+	3776328	-43
TSS clone	`C`	clone	+	3776330	-41
TSS clone	`A`	clone	+	3776331	-40
TSS clone	`C`	clone	+	3776332	-39
TSS clone	`A`	clone	+	3776333	-38
TSS clone	`T`	clone	+	3776338	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CAATATAAAAA + 3776293 3776303 -78 -68

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CAATATAAAAA`	+	3776293	3776303	-78	-68
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCGTTTTA + 3776074 3776082 -297 -289

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAGCCACG + 3776113 3776120 -258 -251

AtREG608 AAGCCACG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CACGTGGC + 3776252 3776259 -119 -112

AtREG367 CACGTGGC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCGTTTTA`		+	3776074	3776082	-297	-289
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAGCCACG`		+	3776113	3776120	-258	-251
	AtREG608	`AAGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CACGTGGC`		+	3776252	3776259	-119	-112
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None