version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G12090.1

Summary of Gene (AT3G12090.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G12090  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G12090.1  
Description Member of TETRASPANIN family  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3847764-3846565)

Genome position     
from initiation codon
AT3G12070.1         
AT3G12070.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G12090.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G12090.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-3853729-15

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-3853720-6

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTT-38537303853738-16-24
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTG-38538803853887-166-173
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-3847562AT3G12070.1, AT3G12070.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTCTTCTCT-38475223847533AT3G12070.1, AT3G12070.2
Y PatchTCTTCTTC-38475683847575AT3G12070.1, AT3G12070.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTCGGTTTAG-38476283847637AT3G12070.1, AT3G12070.2
 AtREG568TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511  CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCGGTTCAA-38476573847664AT3G12070.1, AT3G12070.2
 AtREG640CGGTTCAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGAACCGGATGAACCGGTTTAA-38477263847746AT3G12070.1, AT3G12070.2
 AtREG579GAACCGGA              PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561 AACCGGAT             PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480        TGAACCGG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528         GAACCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436           ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412            CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473             CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTTTGGGC+38475523847559AT3G12080.1, AT3G12080.2
 AtREG529TTTTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTAAACCGAA+38476283847637AT3G12080.1, AT3G12080.2
 AtREG511CTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTGAACCG+38476573847664AT3G12080.1, AT3G12080.2
 AtREG640TTGAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGGTTCATCCGGTTC+38477263847746AT3G12080.1, AT3G12080.2
 AtREG473TTAAACCG              PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG             PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGT            PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528    ACCGGTTC          PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480     CCGGTTCA         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561            ATCCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579             TCCGGTTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.