version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G12090.1

Summary of Gene (AT3G12090.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G12090  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G12090.1  
Description Member of TETRASPANIN family  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3858664-3857465)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G12090.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
AT3G12110.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G12090.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-3853729-15

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-3853720-6

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTT-38537303853738-16-24
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTG-38538803853887-166-173
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+3857854AT3G12110.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+3857843AT3G12110.1
TSS cloneAclone+3857854AT3G12110.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTTCTTC+38578433857853AT3G12110.1
Y PatchTTTCTCTCTC+38578643857873AT3G12110.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAGCCCATTAA+38575623857571AT3G12110.1
 AtREG372AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357 GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396  CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGACGGGCCTATT+38577973857807AT3G12110.1
 AtREG429ACGGGCCT    PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG362  GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG424   GGCCTATT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCT-38575083857517AT3G12100.1, AT3G12100.2
 AtREG396TTAATGGG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCTTAATGGG-38575423857550AT3G12100.1, AT3G12100.2
 AtREG604CTTAATGG  PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGTTAATGGGCT-38575623857571AT3G12100.1, AT3G12100.2
 AtREG396TTAATGGG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.