PlantPromoterDB promoter information of AT3G12090.1

Summary of Gene (AT3G12090.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G12090 TAIR NCBI
Gene model	AT3G12090.1
Description	Member of TETRASPANIN family

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3858714-3857515)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G12090.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G12110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G12090.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 3853729 -15

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	3853729	-15

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 3853720 -6

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	3853720	-6

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTT - 3853730 3853738 -16 -24

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTT`	-	3853730	3853738	-16	-24
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTG - 3853880 3853887 -166 -173

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTG`		-	3853880	3853887	-166	-173
	AtREG647	`CCCAATTG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 3857854 AT3G12110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	3857854	AT3G12110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 3857843 AT3G12110.1

TSS clone A clone + 3857854 AT3G12110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3857843	AT3G12110.1
TSS clone	`A`	clone	+	3857854	AT3G12110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCTTC + 3857843 3857853 AT3G12110.1

Y Patch TTTCTCTCTC + 3857864 3857873 AT3G12110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCTTC`	+	3857843	3857853	AT3G12110.1
Y Patch	`TTTCTCTCTC`	+	3857864	3857873	AT3G12110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAATGGGCT - 3857508 3857517 AT3G12100.1, AT3G12100.2

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTTAATGGG - 3857542 3857550 AT3G12100.1, AT3G12100.2

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TTAATGGGCT - 3857562 3857571 AT3G12100.1, AT3G12100.2

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AGCCCATTAA + 3857562 3857571 AT3G12110.1

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396   CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG ACGGGCCTATT + 3857797 3857807 AT3G12110.1

AtREG429 ACGGGCCT    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG362   GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424    GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif