version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G12090.1

Summary of Gene (AT3G12090.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G12090  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G12090.1  
Description Member of TETRASPANIN family  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3867664-3866465)

Genome position     
from initiation codon
AT3G12130.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G12090.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G12090.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-3853729-15

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-3853720-6

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTT-38537303853738-16-24
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTG-38538803853887-166-173
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2-3866530AT3G12130.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-3866569AT3G12130.1
TSS cloneAclone-3866568AT3G12130.1
TSS cloneCclone-3866558AT3G12130.1
TSS cloneCclone-3866533AT3G12130.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTCC-38664833866490AT3G12130.1
Y PatchTTCTCTCT-38665223866529AT3G12130.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAACCGG-38666123866619AT3G12130.1
 AtREG542AAAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGGTTTAA-38666323866640AT3G12130.1
 AtREG412CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACTGGGCCAC-38666423866651AT3G12130.1
 AtREG384ACTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 CTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG445  TGGGCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGCCAC, GGGCC, TGGGCY 
REGTTCGGTTTAC-38666663866675AT3G12130.1
 AtREG568TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519  CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTTCCGGTTTAT-38666943866705AT3G12130.1
 AtREG644TTTCCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412   CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598    CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACGGCCCA-38667203866727AT3G12130.1
 AtREG368ACGGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGACGTCATC-38667733866780AT3G12130.1
 AtREG578ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.