PlantPromoterDB promoter information of AT3G12100.1

Summary of Gene (AT3G12100.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G12100 TAIR NCBI
Gene model	AT3G12100.1
Description	cation efflux family protein / metal tolerance protein, putative; FUNCTIONS IN: cation transmembrane transporter activity, efflux transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: cation transport, response to nematode; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cation efflux protein (InterPro:IPR002524); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cation efflux family protein (TAIR:AT2G04620.1); Has 3834 Blast hits to 3552 proteins in 1043 species: Archae - 81; Bacteria - 2187; Metazoa - 847; Fungi - 320; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 244 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3858270-3857071)

`Genome position from initiation codon` `AT3G12100.2 TSS from cDNA TSS information AT3G12100.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G12110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G12100.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 3857319 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	3857319	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 3857319 -49

TSS clone T clone - 3857318 -48

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	3857319	-49
TSS clone	`T`	clone	-	3857318	-48

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGCCCATTG - 3857359 3857369 -89 -99

AtREG445 GTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG551    GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATATGGGCTTAG - 3857374 3857386 -104 -116

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634      GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATGGGCTTC - 3857395 3857404 -125 -134

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476   TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAATGGGCT - 3857508 3857517 -238 -247

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTTAATGGG - 3857542 3857550 -272 -280

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TTAATGGGCT - 3857562 3857571 -292 -301

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGCCCATTG`		-	3857359	3857369	-89	-99
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCTTAG`		-	3857374	3857386	-104	-116
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATGGGCTTC`		-	3857395	3857404	-125	-134
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG476	`TGGGCTTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTAATGGGCT`		-	3857508	3857517	-238	-247
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CTTAATGGG`		-	3857542	3857550	-272	-280
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTAATGGGCT`		-	3857562	3857571	-292	-301
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 3857854 AT3G12110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	3857854	AT3G12110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 3857843 AT3G12110.1

TSS clone A clone + 3857854 AT3G12110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	3857843	AT3G12110.1
TSS clone	`A`	clone	+	3857854	AT3G12110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCTTC + 3857843 3857853 AT3G12110.1

Y Patch TTTCTCTCTC + 3857864 3857873 AT3G12110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCTTC`	+	3857843	3857853	AT3G12110.1
Y Patch	`TTTCTCTCTC`	+	3857864	3857873	AT3G12110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGCCCATTAA + 3857562 3857571 AT3G12110.1

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396   CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG ACGGGCCTATT + 3857797 3857807 AT3G12110.1

AtREG429 ACGGGCCT    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG362   GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424    GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif