PlantPromoterDB promoter information of AT3G13120.1

Summary of Gene (AT3G13120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G13120 TAIR NCBI
Gene model	AT3G13120.1
Description	30S ribosomal protein S10, chloroplast, putative; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: small ribosomal subunit, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S10, bacterial (InterPro:IPR005731), Ribosomal protein S10, conserved site (InterPro:IPR018268), Ribosomal protein S10 (InterPro:IPR001848); Has 5644 Blast hits to 5644 proteins in 1660 species: Archae - 168; Bacteria - 2943; Metazoa - 245; Fungi - 117; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2041 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4222526-4221327)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G13120.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 38 - 4221603 -77

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	38	-	4221603	-77

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4221630 -104

TSS clone G clone - 4221628 -102

TSS clone G clone - 4221627 -101

TSS clone A clone - 4221617 -91

TSS clone G clone - 4221609 -83

TSS clone C clone - 4221605 -79

TSS clone A clone - 4221602 -76

TSS clone G clone - 4221600 -74

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4221630	-104
TSS clone	`G`	clone	-	4221628	-102
TSS clone	`G`	clone	-	4221627	-101
TSS clone	`A`	clone	-	4221617	-91
TSS clone	`G`	clone	-	4221609	-83
TSS clone	`C`	clone	-	4221605	-79
TSS clone	`A`	clone	-	4221602	-76
TSS clone	`G`	clone	-	4221600	-74

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCTTAG - 4221682 4221694 -156 -168

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634      GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTTT - 4221701 4221708 -175 -182

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTAATGGG - 4221730 4221745 -204 -219

AtREG421 ATTTGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506      GGCCTAAT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558         CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCTAATGGG - 4221775 4221790 -249 -264

AtREG432 ATATGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506      GGCCTAAT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558         CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCTTAG`		-	4221682	4221694	-156	-168
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCTTTT`		-	4221701	4221708	-175	-182
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTAATGGG`		-	4221730	4221745	-204	-219
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTAATGGG`		-	4221775	4221790	-249	-264
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None