PlantPromoterDB promoter information of AT3G13275.1

Summary of Gene (AT3G13275.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G13275 TAIR NCBI
Gene model	AT3G13275.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; Has 13 Blast hits to 13 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 13; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4290634-4289435)

`Genome position from initiation codon` `AT3G13277.1 TSS from cDNA TSS information AT3G13275.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G13277 AT3G13277.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13275.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 4289806 -172

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	4289806	-172

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4289805 -171

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4289805	-171

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAT - 4289834 4289842 -200 -208

Y Patch TCTCTCTCC - 4289782 4289790 -148 -156

Y Patch TCCTCTCT - 4289792 4289799 -158 -165

Y Patch CTTTCTCTCCC - 4289810 4289820 -176 -186

Y Patch TCTCTCTCTCTC - 4289823 4289834 -189 -200

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAT`	-	4289834	4289842	-200	-208
Y Patch	`TCTCTCTCC`	-	4289782	4289790	-148	-156
Y Patch	`TCCTCTCT`	-	4289792	4289799	-158	-165
Y Patch	`CTTTCTCTCCC`	-	4289810	4289820	-176	-186
Y Patch	`TCTCTCTCTCTC`	-	4289823	4289834	-189	-200
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACCGTTG - 4289927 4289934 -293 -300

AtREG553 GACCGTTG Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TTAATGGGCCTTAGGCCCAATAA - 4289960 4289982 -326 -348

AtREG396 TTAATGGG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG577       GGCCTTAG          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG563          CTTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360           TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358            TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356             AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352              GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355               GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417                CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACCGTTG`		-	4289927	4289934	-293	-300
	AtREG553	`GACCGTTG`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TTAATGGGCCTTAGGCCCAATAA`		-	4289960	4289982	-326	-348
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG563	`CTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None