PlantPromoterDB promoter information of AT3G13450

Summary of Gene (AT3G13450)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G13450 TAIR NCBI
Gene model	AT3G13450
Description	branched chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 beta

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4390095-4388896)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G13450 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G13470.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13450

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 4385265 -970

TSS peak G 4 - 4385154 -859

TSS peak G 4 - 4384392 -97

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	4385265	-970
TSS peak	`G`	4	-	4385154	-859
TSS peak	`G`	4	-	4384392	-97

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4385242 -947

TSS clone A clone - 4384434 -139

TSS clone C clone - 4384433 -138

TSS clone C clone - 4384424 -129

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4385242	-947
TSS clone	`A`	clone	-	4384434	-139
TSS clone	`C`	clone	-	4384433	-138
TSS clone	`C`	clone	-	4384424	-129

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCC - 4384379 4384386 -84 -91

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCC`	-	4384379	4384386	-84	-91
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTGACGTGGCT - 4384485 4384495 -190 -200

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419 TGACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388   GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450    ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CCCAATAA - 4384533 4384540 -238 -245

AtREG417 CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGTCGTTTTGA - 4384575 4384586 -280 -291

AtREG527 GTGTCGTT     DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 TGTCGTTT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520   GTCGTTTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG653     CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTGACGTGGCT`		-	4384485	4384495	-190	-200
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`CCCAATAA`		-	4384533	4384540	-238	-245
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGTCGTTTTGA`		-	4384575	4384586	-280	-291
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 31 + 4389258 AT3G13470.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	31	+	4389258	AT3G13470.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAT + 4389226 4389234 AT3G13470.1

Y Patch CTTCTTCCTCCT + 4389293 4389304 AT3G13470.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAT`	+	4389226	4389234	AT3G13470.1
Y Patch	`CTTCTTCCTCCT`	+	4389293	4389304	AT3G13470.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAATGGGCCTATT + 4389044 4389056 AT3G13470.1

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362     GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424      GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACAGGCCCAAAT + 4389074 4389085 AT3G13470.1

AtREG433 ACAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421     GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACCGGAAA + 4389100 4389107 AT3G13470.1

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCAACGG + 4389175 4389183 AT3G13470.1

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR