PlantPromoterDB promoter information of AT3G13677.1

Summary of Gene (AT3G13677.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G13677 TAIR NCBI
Gene model	AT3G13677.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; Has 11 Blast hits to 11 proteins in 5 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 11; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4475296-4476495)

`Genome position from initiation codon` `AT3G13677.2 TSS from cDNA TSS information AT3G13677.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G13674.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13677.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 4476049 -247

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	4476049	-247

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGGGCTT + 4475921 4475928 -375 -368

AtREG651 TAGGGCTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCGGGTCGGGTT + 4475952 4475964 -344 -332

AtREG593 CCCGGGTC      PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG494 CCGGGTCG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG375   CGGGTCGG    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442    GGGTCGGG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405     GGTCGGGT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG580      GTCGGGTT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG CGGGTCGGGT + 4475978 4475987 -318 -309

AtREG375 CGGGTCGG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442 GGGTCGGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405   GGTCGGGT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG AAAAAGCC + 4476001 4476008 -295 -288

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGGGCTT`		+	4475921	4475928	-375	-368
	AtREG651	`TAGGGCTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCGGGTCGGGTT`		+	4475952	4475964	-344	-332
	AtREG593	`CCCGGGTC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG494	`CCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG375	`CGGGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`GGGTCGGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`GGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG580	`GTCGGGTT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`CGGGTCGGGT`		+	4475978	4475987	-318	-309
	AtREG375	`CGGGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`GGGTCGGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`GGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`AAAAAGCC`		+	4476001	4476008	-295	-288
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None