version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G13700.1

Summary of Gene (AT3G13700.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G13700  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G13700.1  
Description RNA-binding protein, putative; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleic acid binding / nucleotide binding (TAIR:AT2G42240.3); Has 539 Blast hits to 520 proteins in 125 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 265; Fungi - 138; Plants - 101; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 33 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4493632-4492433)

Genome position     
from initiation codon
AT3G13700.2         
AT3G13710.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G13700.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13700.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-4493601-969
TSS peakA5-4492695-63

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTCATATAT-44936304493637-998-1005
Y PatchCTCTCTTC-44926794492686-47-54
Y PatchCCTTCTTC-44936364493643-1004-1011
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCAGCCCATAA-44927514492761-119-129
 AtREG609TCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477  AGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG394   GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAAGGCCCAATAG-44927644492777-132-145
 AtREG416TTAAGGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG624      CCCAATAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTTATTGGGCCAT-44927814492793-149-161
 AtREG611CTTATTGG      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG417 TTATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355  TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352   ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420    TTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG437     TGGGCCAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGACGTGGCAG-44938744493883-1242-1251
 AtREG388GACGTGGC   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG468  CGTGGCAGABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.