PlantPromoterDB promoter information of AT3G13882.1

Summary of Gene (AT3G13882.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G13882 TAIR NCBI
Gene model	AT3G13882.1
Description	structural constituent of ribosome; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L34 (InterPro:IPR000271).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4573600-4574799)

`Genome position from initiation codon` `AT3G13880.1 AT3G13882.2 TSS from cDNA TSS information AT3G13882.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G13882.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 4574562 -38

TSS peak G 2 + 4574584 -16

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	4574562	-38
TSS peak	`G`	2	+	4574584	-16

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 4574526 -74

TSS clone A clone + 4574578 -22

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	4574526	-74
TSS clone	`A`	clone	+	4574578	-22

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTC + 4574532 4574539 -68 -61

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTC`	+	4574532	4574539	-68	-61
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCCTGTGGCCCAAAGCCCAT + 4574497 4574522 -103 -78

AtREG418 AATTGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG433     GGGCCTGT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG445           GTGGCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG420            TGGCCCAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373             GGCCCAAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG559                 CAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                  AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                   AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCCTGTGGCCCAAAGCCCAT`		+	4574497	4574522	-103	-78
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG433	`GGGCCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None