PlantPromoterDB promoter information of AT3G14860.1

Summary of Gene (AT3G14860.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G14860 TAIR NCBI
Gene model	AT3G14860.1
Description	NHL repeat-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NHL repeat (InterPro:IPR001258), Six-bladed beta-propeller, TolB-like (InterPro:IPR011042); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NHL repeat-containing protein (TAIR:AT1G70280.2); Has 1587 Blast hits to 698 proteins in 116 species: Archae - 75; Bacteria - 803; Metazoa - 45; Fungi - 0; Plants - 91; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 573 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5001894-5000695)

`Genome position from initiation codon` `AT3G14860.2 TSS from cDNA TSS information AT3G14860.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G14860.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 5000978 -84

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	5000978	-84

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 5001046 -152

TSS clone T clone - 5001018 -124

TSS clone A clone - 5001006 -112

TSS clone G clone - 5000981 -87

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	5001046	-152
TSS clone	`T`	clone	-	5001018	-124
TSS clone	`A`	clone	-	5001006	-112
TSS clone	`G`	clone	-	5000981	-87

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATAAG - 5001082 5001090 -188 -196

AtREG417 CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAATGGGCCTATTATAAGGCCCATAA - 5001104 5001131 -210 -237

AtREG604 CTTAATGG                     PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362       GGGCCTAT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424        GGCCTATT              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425                ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351                 TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                  AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT      AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364                    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394                     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAATGGGC - 5001150 5001158 -256 -264

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCAGT - 5001189 5001198 -295 -304

AtREG445 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384   GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GGCTTTTT - 5001249 5001256 -355 -362

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATAAG`		-	5001082	5001090	-188	-196
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAATGGGCCTATTATAAGGCCCATAA`		-	5001104	5001131	-210	-237
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGC`		-	5001150	5001158	-256	-264
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCAGT`		-	5001189	5001198	-295	-304
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GGCTTTTT`		-	5001249	5001256	-355	-362
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None