version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G14890.1

Summary of Gene (AT3G14890.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G14890  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G14890.1  
Description phosphoesterase; FUNCTIONS IN: DNA binding, catalytic activity, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIIA (InterPro:IPR006549), Polynucleotide kinase 3 phosphatase, central region (InterPro:IPR013954), Zinc finger, PARP-type (InterPro:IPR001510), Polynucleotide kinase 3, phosphatase (InterPro:IPR015636), DNA 3-phosphatase (InterPro:IPR006551); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PARP2 (POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE 2); DNA binding / NAD or NADH binding / NAD+ ADP-ribosyltransferase/ zinc ion binding (TAIR:AT2G31320.1); Has 1759 Blast hits to 1202 proteins in 196 species: Archae - 2; Bacteria - 25; Metazoa - 851; Fungi - 144; Plants - 126; Viruses - 44; Other Eukaryotes - 567 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5000901-5002100)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G14890.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G14860.1         
AT3G14860.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence












 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G14890.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+5008742-9

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCCTCT+500879050087973946
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGTGTCT+50085365008543-215-208
 AtREG470ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGGTTAGGCCTTTAAAGCCCAAATAAGCCCAATG+50085455008576-206-175
 AtREG535GTTAGGCC                         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG467    GGCCTTTA                     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG639     GCCTTTAA                    PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG545         TTAAAGCC                PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365          TAAAGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376           AAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407            AAGCCCAA  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469             AGCCCAAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG421              GCCCAAAT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG462                    ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426                     TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402                       AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461                        GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTGGCCCAAAC+50086045008614-147-137
 AtREG484TTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420 TGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373  GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG474   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2-5000978AT3G14860.1, AT3G14860.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-5001046AT3G14860.1, AT3G14860.2
TSS cloneTclone-5001018AT3G14860.1, AT3G14860.2
TSS cloneAclone-5001006AT3G14860.1, AT3G14860.2
TSS cloneGclone-5000981AT3G14860.1, AT3G14860.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCCAATAAG-50010825001090AT3G14860.1, AT3G14860.2
 AtREG417CCCAATAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTTAATGGGCCTATTATAAGGCCCATAA-50011045001131AT3G14860.1, AT3G14860.2
 AtREG604CTTAATGG                     PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG                    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361   AATGGGCC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358     TGGGCCTA                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362      GGGCCTAT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG424       GGCCTATT              PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG425               ATAAGGCC      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351                TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353                 AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354    ATGGGCCT      AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364                   GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394                    GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAATGGGC-50011505001158AT3G14860.1, AT3G14860.2
 AtREG443TAAATGGG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTGGCCCAGT-50011895001198AT3G14860.1, AT3G14860.2
 AtREG445GTGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGCCAC, GGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384  GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGGCTTTTT-50012495001256AT3G14860.1, AT3G14860.2
 AtREG589GGCTTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.