PlantPromoterDB promoter information of AT3G14930

Summary of Gene (AT3G14930)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G14930 TAIR NCBI
Gene model	AT3G14930
Description	HEME1; FUNCTIONS IN: uroporphyrinogen decarboxylase activity; INVOLVED IN: porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uroporphyrinogen decarboxylase HemE (InterPro:IPR006361), Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) (InterPro:IPR000257); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HEME2; uroporphyrinogen decarboxylase (TAIR:AT2G40490.1); Has 5476 Blast hits to 5476 proteins in 1181 species: Archae - 81; Bacteria - 2274; Metazoa - 206; Fungi - 87; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2761 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5019675-5020874)

`Genome position from initiation codon` `AT3G14920.1 AT3G14930.1 AT3G14930.2 AT3G14930.3 TSS from cDNA TSS information AT3G14930 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G14930

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 5020586 -89

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	5020586	-89

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 5020570 -105

TSS clone T clone + 5020571 -104

TSS clone A clone + 5020623 -52

TSS clone A clone + 5020629 -46

TSS clone G clone + 5020677 2

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	5020570	-105
TSS clone	`T`	clone	+	5020571	-104
TSS clone	`A`	clone	+	5020623	-52
TSS clone	`A`	clone	+	5020629	-46
TSS clone	`G`	clone	+	5020677	2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTCTC + 5020560 5020569 -115 -106

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTCTC`	+	5020560	5020569	-115	-106
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGAACCA + 5020400 5020408 -275 -267

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655 CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCGGAAA + 5020418 5020425 -257 -250

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAAGGCC + 5020435 5020442 -240 -233

AtREG656 CAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGTCC + 5020472 5020479 -203 -196

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TACGTGGCAT + 5020501 5020510 -174 -165

AtREG413 TACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448 CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGAACCA`		+	5020400	5020408	-275	-267
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCGGAAA`		+	5020418	5020425	-257	-250
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CAAAGGCC`		+	5020435	5020442	-240	-233
	AtREG656	`CAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGGTCC`		+	5020472	5020479	-203	-196
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TACGTGGCAT`		+	5020501	5020510	-174	-165
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None