PlantPromoterDB promoter information of AT3G15150.1

Summary of Gene (AT3G15150.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G15150 TAIR NCBI
Gene model	AT3G15150.1
Description	zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, MIZ-type (InterPro:IPR004181); Has 205 Blast hits to 205 proteins in 72 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 129; Fungi - 36; Plants - 24; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5105082-5103883)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G15150.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G15160.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G15150.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 5104140 -58

TSS clone peak A clone - 5104139 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	5104140	-58
TSS clone peak	`A`	clone	-	5104139	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCCTCC - 5104128 5104135 -46 -53

Y Patch CGTCTTCT - 5104141 5104148 -59 -66

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCCTCC`	-	5104128	5104135	-46	-53
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	5104141	5104148	-59	-66
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGGCACG - 5104197 5104204 -115 -122

AtREG522 ACGGCACG PPDB Motif PLACE Motif

REG TACGTGTCG - 5104221 5104229 -139 -147

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478 ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CGACATCG - 5104300 5104307 -218 -225

AtREG630 CGACATCG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTTTT - 5104328 5104335 -246 -253

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TGTCGTTTA - 5104400 5104408 -318 -326

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGGCACG`		-	5104197	5104204	-115	-122
	AtREG522	`ACGGCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACGTGTCG`		-	5104221	5104229	-139	-147
	AtREG557	`TACGTGTC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`CGACATCG`		-	5104300	5104307	-218	-225
	AtREG630	`CGACATCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTTTT`		-	5104328	5104335	-246	-253
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGTCGTTTA`		-	5104400	5104408	-318	-326
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 5104493 AT3G15160.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	5104493	AT3G15160.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 5104576 AT3G15160.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	5104576	AT3G15160.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT + 5104467 5104474 AT3G15160.1

Y Patch CCTCTTTCTCC + 5104482 5104492 AT3G15160.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	5104467	5104474	AT3G15160.1
Y Patch	`CCTCTTTCTCC`	+	5104482	5104492	AT3G15160.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGCCGT + 5104197 5104204 AT3G15160.1

AtREG522 CGTGCCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG CGACACGTA + 5104221 5104229 AT3G15160.1

AtREG478 CGACACGT ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CGATGTCG + 5104300 5104307 AT3G15160.1

AtREG630 CGATGTCG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGGCC + 5104328 5104335 AT3G15160.1

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGACA + 5104400 5104408 AT3G15160.1

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif