PlantPromoterDB promoter information of AT3G15351.3

Summary of Gene (AT3G15351.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G15351 TAIR NCBI
Gene model	AT3G15351.3
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 21 Blast hits to 21 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7; Fungi - 0; Plants - 14; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5176026-5177225)

`Genome position from initiation codon` `AT3G15351.1 AT3G15351.2 TSS from cDNA TSS information AT3G15351.3 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G15351.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 5176062 -964

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	5176062	-964

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 5176060 -966

TSS clone C clone + 5176086 -940

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	5176060	-966
TSS clone	`C`	clone	+	5176086	-940

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCTCTC + 5176051 5176058 -975 -968

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCTCTC`	+	5176051	5176058	-975	-968
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGTGGGCCGGGCCTTTT + 5175964 5175981 -1062 -1045

AtREG532 TAGTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG457    TGGGCCGG        CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG404     GGGCCGGG       CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG359          GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459           GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AGCCCAAAT + 5175984 5175992 -1042 -1034

AtREG469 AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGCCCATAA + 5175996 5176005 -1030 -1021

AtREG581 TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477 AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394   GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGTGGGCCGGGCCTTTT`		+	5175964	5175981	-1062	-1045
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG404	`GGGCCGGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGCCCAAAT`		+	5175984	5175992	-1042	-1034
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAGCCCATAA`		+	5175996	5176005	-1030	-1021
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None