PlantPromoterDB promoter information of AT3G15450

Summary of Gene (AT3G15450)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G15450 TAIR NCBI
Gene model	AT3G15450
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G27450.1); Has 270 Blast hits to 270 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 23; Metazoa - 2; Fungi - 2; Plants - 227; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5212050-5213249)

`Genome position from initiation codon` `AT3G15450.1 AT3G15450.2 AT3G15450.3 TSS from cDNA TSS information AT3G15450 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G15440.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G15450

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 149 + 5213003 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	149	+	5213003	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 5212981 -69

TSS clone A clone + 5213003 -47

TSS clone T clone + 5213004 -46

TSS clone A clone + 5213006 -44

TSS clone C clone + 5213009 -41

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	5212981	-69
TSS clone	`A`	clone	+	5213003	-47
TSS clone	`T`	clone	+	5213004	-46
TSS clone	`A`	clone	+	5213006	-44
TSS clone	`C`	clone	+	5213009	-41

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAAAAC + 5212968 5212979 -82 -71

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAAAAC`	+	5212968	5212979	-82	-71
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCAC + 5212743 5212750 -307 -300

AtREG444 CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCAC`		+	5212743	5212750	-307	-300
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None