PlantPromoterDB promoter information of AT3G16250.1

Summary of Gene (AT3G16250.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G16250 TAIR NCBI
Gene model	AT3G16250.1
Description	encodes a novel subunit of the chloroplast NAD(P)H dehydrogenase complex, involved in cyclic electron flow around photosystem I to produce ATP. Contains a 4Fe-4S cluster.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5509320-5508121)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G16250.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G16250.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 - 5508364 -44

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	-	5508364	-44

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 5508411 -91

TSS clone G clone - 5508363 -43

TSS clone A clone - 5508325 -5

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	5508411	-91
TSS clone	`G`	clone	-	5508363	-43
TSS clone	`A`	clone	-	5508325	-5

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAAAC - 5508398 5508407 -78 -87

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAAAC`	-	5508398	5508407	-78	-87
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTAAACCGG - 5508471 5508479 -151 -159

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCCAATAT - 5508548 5508555 -228 -235

AtREG509 CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTAAACCGG`		-	5508471	5508479	-151	-159
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCCAATAT`		-	5508548	5508555	-228	-235
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGATGGGCCGG + 5509257 5509267 AT3G16260.1

AtREG635 TGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457    TGGGCCGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CAAAGGCCCATGGGCTAA + 5509278 5509295 AT3G16260.1

AtREG656 CAAAGGCC           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591       CCCATGGG     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507      GCCCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG581          ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571           TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY