PlantPromoterDB promoter information of AT3G17470.1

Summary of Gene (AT3G17470.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G17470 TAIR NCBI
Gene model	AT3G17470.1
Description	RelA/SpoT domain-containing protein / calcium-binding EF-hand family protein; FUNCTIONS IN: GTP diphosphokinase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: guanosine tetraphosphate metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 1 (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF hand (InterPro:IPR018248), RelA/SpoT (InterPro:IPR007685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RSH3 (RELA/SPOT HOMOLOG 3); GTP diphosphokinase (TAIR:AT1G54130.1); Has 9156 Blast hits to 9111 proteins in 1936 species: Archae - 2; Bacteria - 3932; Metazoa - 1073; Fungi - 862; Plants - 449; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2838 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5978868-5980067)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G17470.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G17465.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17470.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 5979834 -34

TSS clone peak C clone + 5979835 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	5979834	-34
TSS clone peak	`C`	clone	+	5979835	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAAAC + 5979797 5979806 -71 -62

Y Patch TCCTTCTC + 5979882 5979889 14 21

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAAAC`	+	5979797	5979806	-71	-62
Y Patch	`TCCTTCTC`	+	5979882	5979889	14	21
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGATGGGC + 5979669 5979676 -199 -192

AtREG572 AGATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTACGTGGCTT + 5979775 5979785 -93 -83

AtREG495 CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450   ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG608    CGTGGCTT ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGATGGGC`		+	5979669	5979676	-199	-192
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTACGTGGCTT`		+	5979775	5979785	-93	-83
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 5979647 AT3G17465.1

TSS peak G 2 - 5979643 AT3G17465.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	5979647	AT3G17465.1
TSS peak	`G`	2	-	5979643	AT3G17465.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 5979647 AT3G17465.1

TSS clone T clone - 5979639 AT3G17465.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5979647	AT3G17465.1
TSS clone	`T`	clone	-	5979639	AT3G17465.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTCTCCTTCTTC - 5979614 5979630 AT3G17465.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTCTCCTTCTTC`	-	5979614	5979630	AT3G17465.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGCCACGTAG - 5979775 5979785 AT3G17465.1

AtREG608 AAGCCACG    ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450 AGCCACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG495    CCACGTAG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG