PlantPromoterDB promoter information of AT3G17626.1

Summary of Gene (AT3G17626.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G17626 TAIR NCBI
Gene model	AT3G17626.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L18 family protein (TAIR:AT1G48350.1); Has 336 Blast hits to 336 proteins in 121 species: Archae - 0; Bacteria - 241; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 37; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6027179-6028378)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G17626.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G17620.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17626.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 6027993 -186

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	6027993	-186

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 6027994 -185

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	6027994	-185

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGTATAT + 6027955 6027962 -224 -217

Y Patch CTCTCCTCTCC + 6028016 6028026 -163 -153

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGTATAT`	+	6027955	6027962	-224	-217
Y Patch	`CTCTCCTCTCC`	+	6028016	6028026	-163	-153
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGGCCGAA + 6027802 6027810 -377 -369

AtREG393 TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427 GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGTCGTTTC + 6027881 6027889 -298 -290

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATGGGCTTTATTATTGGGCTTTTAGCCCAACT + 6027892 6027925 -287 -254

AtREG394 TTATGGGC                           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT     TGGGCTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT                      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417             TTATTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355              TATTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402               ATTGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                TTGGGCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409                  GGGCTTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549                   GGCTTTTA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG571                        TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574                          AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG607                           GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGGCCGAA`		+	6027802	6027810	-377	-369
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TGTCGTTTC`		+	6027881	6027889	-298	-290
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG576	`GTCGTTTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTATGGGCTTTATTATTGGGCTTTTAGCCCAACT`		+	6027892	6027925	-287	-254
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG607	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None