PlantPromoterDB promoter information of AT3G17660.1

Summary of Gene (AT3G17660.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G17660 TAIR NCBI
Gene model	AT3G17660.1
Description	A member of ARF GAP domain (AGD), A thaliana has 15 members, grouped into four classes; AGD15 belongs to the class 4, together with AGD14.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6027367-6028566)

`Genome position from initiation codon` `AT3G17626.1 TSS from cDNA TSS information AT3G17660.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G17620.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17660.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 6037598 -119

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	6037598	-119

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GATATAAAAG + 6037563 6037572 -154 -145

Y Patch TTTCTCTCCTCTCCTTC + 6037595 6037611 -122 -106

Y Patch TTCTTCCT + 6037619 6037626 -98 -91

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GATATAAAAG`	+	6037563	6037572	-154	-145
Y Patch	`TTTCTCTCCTCTCCTTC`	+	6037595	6037611	-122	-106
Y Patch	`TTCTTCCT`	+	6037619	6037626	-98	-91
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAATTGGG + 6037427 6037434 -290 -283

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCGGGTT + 6037471 6037478 -246 -239

AtREG580 GTCGGGTT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAATTGGG`		+	6037427	6037434	-290	-283
	AtREG647	`CAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCGGGTT`		+	6037471	6037478	-246	-239
	AtREG580	`GTCGGGTT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 6027993 AT3G17626.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	6027993	AT3G17626.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 6027994 AT3G17626.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	6027994	AT3G17626.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGTATAT + 6027955 6027962 AT3G17626.1

Y Patch CTCTCCTCTCC + 6028016 6028026 AT3G17626.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGTATAT`	+	6027955	6027962	AT3G17626.1
Y Patch	`CTCTCCTCTCC`	+	6028016	6028026	AT3G17626.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGGGCCGAA + 6027802 6027810 AT3G17626.1

AtREG393 TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427 GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGTCGTTTC + 6027881 6027889 AT3G17626.1

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATGGGCTTTATTATTGGGCTTTTAGCCCAACT + 6027892 6027925 AT3G17626.1

AtREG394 TTATGGGC                           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT     TGGGCTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT                      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417             TTATTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355              TATTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402               ATTGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                TTGGGCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409                  GGGCTTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549                   GGCTTTTA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG571                        TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574                          AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG607                           GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif