version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G17660.1

Summary of Gene (AT3G17660.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G17660  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G17660.1  
Description A member of ARF GAP domain (AGD), A thaliana has 15 members, grouped into four classes; AGD15 belongs to the class 4, together with AGD14.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6038967-6040166)

Genome position     
from initiation codon
AT3G17668.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G17660.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17660.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+6037598-119

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGATATAAAAG+60375636037572-154-145
Y PatchTTTCTCTCCTCTCCTTC+60375956037611-122-106
Y PatchTTCTTCCT+60376196037626-98-91
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCAATTGGG+60374276037434-290-283
 AtREG647CAATTGGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTCGGGTT+60374716037478-246-239
 AtREG580GTCGGGTT PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5+6039603AT3G17668.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+6039604AT3G17668.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCCGGTTTGG+60395066039516AT3G17668.1
 AtREG573GTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496  CCGGTTTG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG550   CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAGATGGGCCTTAGGCCC+60395426039558AT3G17668.1
 AtREG572AGATGGGC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403 GATGGGCC         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353   TGGGCCTT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351    GGGCCTTA      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG577     GGCCTTAG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG563        CTTAGGCC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360         TTAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.