PlantPromoterDB promoter information of AT3G17680

Summary of Gene (AT3G17680)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G17680 TAIR NCBI
Gene model	AT3G17680
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: KIP1-like (InterPro:IPR011684); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G48405.1); Has 75 Blast hits to 73 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 5; Fungi - 2; Plants - 52; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6045267-6044068)

`Genome position from initiation codon` `AT3G17680.1 TSS from cDNA TSS information AT3G17680 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G17690.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17680

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 6044495 -228

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	6044495	-228

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 6044504 -237

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	6044504	-237

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTC - 6044446 6044453 -179 -186

Y Patch TCTTCTCTCTCTC - 6044473 6044485 -206 -218

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTC`	-	6044446	6044453	-179	-186
Y Patch	`TCTTCTCTCTCTC`	-	6044473	6044485	-206	-218
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGCCACGTGTT - 6044582 6044593 -315 -326

AtREG608 AAGCCACG     ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450 AGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382    CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590     CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG CAATGGGCCG - 6044616 6044625 -349 -358

AtREG551 CAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAAGCCCAACA - 6044628 6044638 -361 -371

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574   AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG543    GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGCCACGTGTT`		-	6044582	6044593	-315	-326
	AtREG608	`AAGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`CAATGGGCCG`		-	6044616	6044625	-349	-358
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TAAGCCCAACA`		-	6044628	6044638	-361	-371
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None