PlantPromoterDB promoter information of AT3G18390.1

Summary of Gene (AT3G18390.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G18390 TAIR NCBI
Gene model	AT3G18390.1
Description	embryo defective 1865 (EMB1865); FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA-binding, CRM domain (InterPro:IPR001890); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA binding (TAIR:AT3G23070.1); Has 1149 Blast hits to 1011 proteins in 124 species: Archae - 5; Bacteria - 10; Metazoa - 293; Fungi - 119; Plants - 305; Viruses - 46; Other Eukaryotes - 371 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6312572-6313771)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G18390.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G18380.1 AT3G18380.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18390.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 6313485 -87

TSS clone peak T clone + 6313497 -75

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	6313485	-87
TSS clone peak	`T`	clone	+	6313497	-75

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGGTTTT + 6313314 6313324 -258 -248

AtREG436 AAACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542    CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCCGAC + 6313330 6313337 -242 -235

AtREG390 GACCCGAC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG TAATGGGCTTTTA + 6313392 6313404 -180 -168

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCATTAAAGGCCCATTT + 6313408 6313425 -164 -147

AtREG396 CCCATTAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG639     TTAAAGGC       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467      TAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359       AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353        AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354         AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361          GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386           GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGGTTTT`		+	6313314	6313324	-258	-248
	AtREG436	`AAACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCCGAC`		+	6313330	6313337	-242	-235
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TAATGGGCTTTTA`		+	6313392	6313404	-180	-168
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCATTAAAGGCCCATTT`		+	6313408	6313425	-164	-147
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 10 - 6313318 AT3G18380.1, AT3G18380.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	10	-	6313318	AT3G18380.1, AT3G18380.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 6313317 AT3G18380.1, AT3G18380.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	6313317	AT3G18380.1, AT3G18380.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATATAAGC - 6313344 6313353 AT3G18380.1, AT3G18380.2

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATATAAGC`	-	6313344	6313353	AT3G18380.1, AT3G18380.2
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAAGCCCATTA - 6313392 6313404 AT3G18380.1, AT3G18380.2

AtREG549 TAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCCTTTAATGGG - 6313408 6313425 AT3G18380.1, AT3G18380.2

AtREG386 AAATGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467      GGCCTTTA      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639       GCCTTTAA     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG396           TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG