PlantPromoterDB promoter information of AT3G18420.1

Summary of Gene (AT3G18420.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G18420 TAIR NCBI
Gene model	AT3G18420.1
Description	tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide region (InterPro:IPR013026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast lumen common family protein (TAIR:AT2G37400.1); Has 2006 Blast hits to 1561 proteins in 415 species: Archae - 271; Bacteria - 982; Metazoa - 160; Fungi - 19; Plants - 64; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 510 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6326721-6325522)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G18420.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G18430.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18420.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 6325789 -68

TSS clone peak T clone - 6325788 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	6325789	-68
TSS clone peak	`T`	clone	-	6325788	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAGCCCAAAT - 6325850 6325860 -129 -139

AtREG525 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421    GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGGCCCATAA - 6325870 6325883 -149 -162

AtREG639 TTAAAGGC       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353    AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364      GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394       GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCAATTA - 6325885 6325892 -164 -171

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAGGCC - 6325898 6325905 -177 -184

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAGCCCAAAT`		-	6325850	6325860	-129	-139
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGGCCCATAA`		-	6325870	6325883	-149	-162
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCAATTA`		-	6325885	6325892	-164	-171
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAGGCC`		-	6325898	6325905	-177	-184
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 6325949 AT3G18430.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	6325949	AT3G18430.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 6325949 AT3G18430.1

TSS clone A clone + 6325983 AT3G18430.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6325949	AT3G18430.1
TSS clone	`A`	clone	+	6325983	AT3G18430.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTAACGG + 6325665 6325672 AT3G18430.1

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ACACGCGT + 6325826 6325833 AT3G18430.1

AtREG536 ACACGCGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

REG ATTTGGGCTTG + 6325850 6325860 AT3G18430.1

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTATGGGCCTTTAA + 6325870 6325883 AT3G18430.1

AtREG394 TTATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467      GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639       GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAATTGGG + 6325885 6325892 AT3G18430.1

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTTT + 6325898 6325905 AT3G18430.1

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif