PlantPromoterDB promoter information of AT3G18490

Summary of Gene (AT3G18490)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G18490 TAIR NCBI
Gene model	AT3G18490
Description	aspartyl protease family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartyl protease family protein (TAIR:AT1G25510.1); Has 2892 Blast hits to 2875 proteins in 278 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 942; Fungi - 584; Plants - 1188; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 176 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6351592-6350393)

`Genome position from initiation codon` `AT3G18490.1 TSS from cDNA TSS information AT3G18490 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18490

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 90 - 6350619 -27

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	90	-	6350619	-27

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 6350624 -32

TSS clone A clone - 6350623 -31

TSS clone C clone - 6350622 -30

TSS clone A clone - 6350618 -26

TSS clone T clone - 6350613 -21

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	6350624	-32
TSS clone	`A`	clone	-	6350623	-31
TSS clone	`C`	clone	-	6350622	-30
TSS clone	`A`	clone	-	6350618	-26
TSS clone	`T`	clone	-	6350613	-21

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATAAATT - 6350653 6350664 -61 -72

Y Patch CTCTTTCTCTCTTCC - 6350624 6350638 -32 -46

Y Patch TTTCTCTCT - 6350660 6350668 -68 -76

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATAAATT`	-	6350653	6350664	-61	-72
Y Patch	`CTCTTTCTCTCTTCC`	-	6350624	6350638	-32	-46
Y Patch	`TTTCTCTCT`	-	6350660	6350668	-68	-76
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTTA - 6350712 6350719 -120 -127

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTTA`		-	6350712	6350719	-120	-127
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None