version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G18780

Summary of Gene (AT3G18780)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G18780  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G18780  
Description Encodes an actin that is constitutively expressed in vegetative structures but not pollen. ACT2 is involved in tip growth of root hairs.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6477635-6478834)

Genome position     
from initiation codon
AT3G18790.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G18780                        5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18780

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG294+6474912-623

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+6474885-650
TSS cloneTclone+6474902-633
TSS cloneCclone+6474903-632
TSS cloneGclone+6474907-628
TSS cloneCclone+6474908-627
TSS cloneTclone+6474909-626
TSS cloneAclone+6474913-622
TSS cloneAclone+6474914-621
TSS cloneTclone+6474915-620
TSS cloneGclone+6474917-618
TSS cloneTclone+6474918-617
TSS cloneCclone+6474919-616
TSS cloneTclone+6474920-615
TSS cloneGclone+6474922-613
TSS cloneTclone+6474923-612
TSS cloneGclone+6474925-610
TSS cloneTclone+6474926-609
TSS cloneTclone+6474941-594

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCGCCTATATAAATT+64748766474889-659-646
Y PatchTTCCTCTCC+64748986474906-637-629
Y PatchTCCTCCTC+64749266474933-609-602
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGGTTTAA+64746176474625-918-910
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+6477731AT3G18790.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+6477699AT3G18790.1
TSS cloneAclone+6477738AT3G18790.1
TSS cloneAclone+6477739AT3G18790.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTCTCTTCC+64777016477712AT3G18790.1
Y PatchCGTCTCTCCTTCTC+64777146477727AT3G18790.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.