version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G18780.1

Summary of Gene (AT3G18780.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G18780  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G18780.1  
Description Encodes an actin that is constitutively expressed in vegetative structures but not pollen. ACT2 is involved in tip growth of root hairs.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6473685-6474884)

Genome position     
from initiation codon
AT3G18780.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G18780.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT3G18779.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18780.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG294+6474912-623

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+6474885-650
TSS cloneTclone+6474902-633
TSS cloneCclone+6474903-632
TSS cloneGclone+6474907-628
TSS cloneCclone+6474908-627
TSS cloneTclone+6474909-626
TSS cloneAclone+6474913-622
TSS cloneAclone+6474914-621
TSS cloneTclone+6474915-620
TSS cloneGclone+6474917-618
TSS cloneTclone+6474918-617
TSS cloneCclone+6474919-616
TSS cloneTclone+6474920-615
TSS cloneGclone+6474922-613
TSS cloneTclone+6474923-612
TSS cloneGclone+6474925-610
TSS cloneTclone+6474926-609
TSS cloneTclone+6474941-594

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCGCCTATATAAATT+64748766474889-659-646
Y PatchTTCCTCTCC+64748986474906-637-629
Y PatchTCCTCCTC+64749266474933-609-602
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGGTTTAA+64746176474625-918-910
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.