PlantPromoterDB promoter information of AT3G18815

Summary of Gene (AT3G18815)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G18815 TAIR NCBI
Gene model	AT3G18815
Description	pre-tRNA

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6478063-6476864)

`Genome position` `TSS from cDNA TSS information AT3G18815 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G18780.1 AT3G18780.2 AT3G18790.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18815

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 6477731 AT3G18790.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	6477731	AT3G18790.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 6477699 AT3G18790.1

TSS clone A clone + 6477738 AT3G18790.1

TSS clone A clone + 6477739 AT3G18790.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6477699	AT3G18790.1
TSS clone	`A`	clone	+	6477738	AT3G18790.1
TSS clone	`A`	clone	+	6477739	AT3G18790.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCTTCC + 6477701 6477712 AT3G18790.1

Y Patch CGTCTCTCCTTCTC + 6477714 6477727 AT3G18790.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCTTCC`	+	6477701	6477712	AT3G18790.1
Y Patch	`CGTCTCTCCTTCTC`	+	6477714	6477727	AT3G18790.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA + 6477486 6477493 AT3G18790.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CTTGGGCCCTA + 6477532 6477542 AT3G18790.1

AtREG505 CTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392 TTGGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400   TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG387    GGGCCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TATATGGGCTAA + 6477578 6477589 AT3G18790.1

AtREG620 TATATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581    ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571     TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AATTGGGCCTTAG + 6477592 6477604 AT3G18790.1

AtREG418 AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG577      GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif