version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G18820.1

Summary of Gene (AT3G18820.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G18820  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G18820.1  
Description ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG G3F (ATRAB7B); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: plasma membrane, nucleus; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RABG3E (RAB GTPASE HOMOLOG G3E); GTP binding (TAIR:AT1G49300.2); Has 21200 Blast hits to 21171 proteins in 622 species: Archae - 28; Bacteria - 122; Metazoa - 11542; Fungi - 2814; Plants - 1791; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 4884 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6491116-6492315)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G18820.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G18830.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18820.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5+6484159-107

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+6484101-165
TSS cloneGclone+6484138-128
TSS cloneGclone+6484160-106
TSS cloneAclone+6484179-87
TSS cloneTclone+6484185-81
TSS cloneAclone+6484199-67
TSS cloneCclone+6484213-53

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTTCTTC+64841896484198-77-68
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG15-6491273AT3G18830.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-6491273AT3G18830.1
TSS cloneTclone-6491272AT3G18830.1
TSS cloneGclone-6491270AT3G18830.1
TSS cloneTclone-6491269AT3G18830.1
TSS cloneAclone-6491267AT3G18830.1
TSS cloneGclone-6491266AT3G18830.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTCTATATAAGA-64912976491308AT3G18830.1
Y PatchTCTCTCTCTC-64912286491237AT3G18830.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGCCGTTT-64914766491483AT3G18830.1
 AtREG500TGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.