version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G18830.1

Summary of Gene (AT3G18830.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G18830  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G18830.1  
Description This gene encodes a plasma membrane-localized polyol/cyclitol/monosaccharide-H+-symporter. The AtPLT5 symporter is able to catalyze the energy-dependent membrane passage of a wide range of linear polyols (three to six carbon backbone), of cyclic polyols (<i>myo</i>-inositol), and of numerous monosaccharides, including pyranose ring-forming and furanose ring-forming hexoses and pentoses. This gene belongs to a monosaccharide transporter-like (MST-like) superfamily.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6485259-6484060)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G18830.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G18820.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G18830.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG15-6491273-64

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-6491273-64
TSS cloneTclone-6491272-63
TSS cloneGclone-6491270-61
TSS cloneTclone-6491269-60
TSS cloneAclone-6491267-58
TSS cloneGclone-6491266-57

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTCTATATAAGA-64912976491308-88-99
Y PatchTCTCTCTCTC-64912286491237-19-28
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGCCGTTT-64914766491483-267-274
 AtREG500TGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+6484159AT3G18820.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+6484101AT3G18820.1
TSS cloneGclone+6484138AT3G18820.1
TSS cloneGclone+6484160AT3G18820.1
TSS cloneAclone+6484179AT3G18820.1
TSS cloneTclone+6484185AT3G18820.1
TSS cloneAclone+6484199AT3G18820.1
TSS cloneCclone+6484213AT3G18820.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTTCTTC+64841896484198AT3G18820.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.