version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G19400.1

Summary of Gene (AT3G19400.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G19400  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G19400.1  
Description cysteine proteinase, putative; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine proteinase, putative / thiol protease, putative (TAIR:AT3G19390.1); Has 6158 Blast hits to 6100 proteins in 581 species: Archae - 27; Bacteria - 99; Metazoa - 2837; Fungi - 4; Plants - 1227; Viruses - 120; Other Eukaryotes - 1844 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6722260-6723459)

Genome position     
from initiation codon
AT3G19390.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G19400.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G19400.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10+6725468-42

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+6725468-42
TSS cloneAclone+6725469-41

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTTCTT+67254486725456-62-54
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGTGACA+67253376725344-173-166
 AtREG606ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG38+6722989AT3G19390.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+6722989AT3G19390.1
TSS cloneTclone+6722990AT3G19390.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxACTCTATAAATA+67229536722964AT3G19390.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTGACGTGT+67228186722826AT3G19390.1
 AtREG466GTGACGTG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517 TGACGTGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGATGACACGT+67228676722875AT3G19390.1
 AtREG438ATGACACG ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG389 TGACACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.