PlantPromoterDB promoter information of AT3G19400.1

Summary of Gene (AT3G19400.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G19400 TAIR NCBI
Gene model	AT3G19400.1
Description	cysteine proteinase, putative; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine proteinase, putative / thiol protease, putative (TAIR:AT3G19390.1); Has 6158 Blast hits to 6100 proteins in 581 species: Archae - 27; Bacteria - 99; Metazoa - 2837; Fungi - 4; Plants - 1227; Viruses - 120; Other Eukaryotes - 1844 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6730960-6732159)

`Genome position from initiation codon` `AT3G19420.1 TSS from cDNA TSS information AT3G19400.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G19400.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 6725468 -42

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	6725468	-42

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 6725468 -42

TSS clone A clone + 6725469 -41

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6725468	-42
TSS clone	`A`	clone	+	6725469	-41

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTTCTT + 6725448 6725456 -62 -54

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTTCTT`	+	6725448	6725456	-62	-54
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTGACA + 6725337 6725344 -173 -166

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTGACA`		+	6725337	6725344	-173	-166
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 6731376 AT3G19420.1

TSS clone peak T clone + 6731451 AT3G19420.1

TSS clone G clone + 6731457 AT3G19420.1

TSS clone T clone + 6731496 AT3G19420.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6731376	AT3G19420.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	6731451	AT3G19420.1
TSS clone	`G`	clone	+	6731457	AT3G19420.1
TSS clone	`T`	clone	+	6731496	AT3G19420.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCCC + 6731447 6731456 AT3G19420.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCCC`	+	6731447	6731456	AT3G19420.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTTGGAT + 6731322 6731329 AT3G19420.1

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CCCACGTGAC + 6731386 6731395 AT3G19420.1

AtREG464 CCCACGTG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG583 CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG