PlantPromoterDB promoter information of AT3G19508.1

Summary of Gene (AT3G19508.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G19508 TAIR NCBI
Gene model	AT3G19508.1
Description	unknown protein; LOCATED IN: mitochondrion; Has 17 Blast hits to 17 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6763696-6762497)

`Genome position from initiation codon` `AT3G19510.1 TSS from cDNA TSS information AT3G19508.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G19508.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 6762711 -15

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	6762711	-15

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 6762699 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6762699	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCATGG - 6762759 6762766 -63 -70

AtREG507 GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TTAAAGGCCCATTAAG - 6762768 6762783 -72 -87

AtREG639 TTAAAGGC         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353    AAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361      GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357       GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396        CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604         CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG TTTAACCGGTC - 6762799 6762809 -103 -113

AtREG645 TTTAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503   TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG552    AACCGGTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGAACCGGTTTT - 6762829 6762841 -133 -145

AtREG640 TTGAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528   GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436     ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542      CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCGGTTTAA - 6762875 6762885 -179 -189

AtREG552 GACCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473    CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCATGG`		-	6762759	6762766	-63	-70
	AtREG507	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGGCCCATTAAG`		-	6762768	6762783	-72	-87
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTTAACCGGTC`		-	6762799	6762809	-103	-113
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGAACCGGTTTT`		-	6762829	6762841	-133	-145
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCGGTTTAA`		-	6762875	6762885	-179	-189
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None