PlantPromoterDB promoter information of AT3G22230.1

Summary of Gene (AT3G22230.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G22230 TAIR NCBI
Gene model	AT3G22230.1
Description	60S ribosomal protein L27 (RPL27B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L27e, conserved site (InterPro:IPR018262), Ribosomal protein L27e (InterPro:IPR001141); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L27 (RPL27C) (TAIR:AT4G15000.1); Has 603 Blast hits to 603 proteins in 228 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 292; Fungi - 102; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 114 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 7845543-7844344)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G22230.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G22230.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 38 - 7844559 -16

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	38	-	7844559	-16

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 7844597 -54

TSS clone T clone - 7844565 -22

TSS clone G clone - 7844559 -16

TSS clone C clone - 7844558 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7844597	-54
TSS clone	`T`	clone	-	7844565	-22
TSS clone	`G`	clone	-	7844559	-16
TSS clone	`C`	clone	-	7844558	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATATAAAGA - 7844591 7844603 -48 -60

Y Patch TTTCTTCTT - 7844561 7844569 -18 -26

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATATAAAGA`	-	7844591	7844603	-48	-60
Y Patch	`TTTCTTCTT`	-	7844561	7844569	-18	-26
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCGAA - 7844644 7844656 -101 -113

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393     TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427      GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CATGGGCCTTTT - 7844671 7844682 -128 -139

AtREG504 CATGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459     GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCCTAAA - 7844700 7844708 -157 -165

AtREG360 GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCGAA`		-	7844644	7844656	-101	-113
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CATGGGCCTTTT`		-	7844671	7844682	-128	-139
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGGCCTAAA`		-	7844700	7844708	-157	-165
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None