PlantPromoterDB promoter information of AT3G22970.2

Summary of Gene (AT3G22970.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G22970 TAIR NCBI
Gene model	AT3G22970.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF506, plant (InterPro:IPR006502); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G14620.1); Has 210 Blast hits to 209 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 208; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8151923-8153122)

`Genome position from initiation codon` `AT3G22968.1 AT3G22970.1 TSS from cDNA TSS information AT3G22970.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G22970.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 57 + 8152038 -885

TSS peak A 13 + 8152252 -671

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	57	+	8152038	-885
TSS peak	`A`	13	+	8152252	-671

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 8152038 -885

TSS clone C clone + 8152039 -884

TSS clone T clone + 8152042 -881

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8152038	-885
TSS clone	`C`	clone	+	8152039	-884
TSS clone	`T`	clone	+	8152042	-881

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAA + 8152003 8152011 -920 -912

Y Patch CTCTCTCTCTT + 8151989 8151999 -934 -924

Y Patch CCTCTCTTT + 8152023 8152031 -900 -892

Y Patch TCCTTCTCCT + 8152262 8152271 -661 -652

Y Patch CTTTCTTCTCTT + 8152287 8152298 -636 -625

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAA`	+	8152003	8152011	-920	-912
Y Patch	`CTCTCTCTCTT`	+	8151989	8151999	-934	-924
Y Patch	`CCTCTCTTT`	+	8152023	8152031	-900	-892
Y Patch	`TCCTTCTCCT`	+	8152262	8152271	-661	-652
Y Patch	`CTTTCTTCTCTT`	+	8152287	8152298	-636	-625
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGACACGTC + 8151823 8151831 -1100 -1092

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG AAAACGACA + 8151866 8151874 -1057 -1049

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCATTAA + 8151898 8151905 -1025 -1018

AtREG396 CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG CGACGTGGCAT + 8151927 8151937 -996 -986

AtREG465 CGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG388 GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448    CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TTCCGGTTAT + 8152178 8152187 -745 -736

AtREG534 TTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621 TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548   CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGACACGTC`		+	8151823	8151831	-1100	-1092
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`AAAACGACA`		+	8151866	8151874	-1057	-1049
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCATTAA`		+	8151898	8151905	-1025	-1018
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CGACGTGGCAT`		+	8151927	8151937	-996	-986
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TTCCGGTTAT`		+	8152178	8152187	-745	-736
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None