PlantPromoterDB promoter information of AT3G23460.1

Summary of Gene (AT3G23460.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G23460 TAIR NCBI
Gene model	AT3G23460.1
Description	cyclopropane fatty acid synthase-related; FUNCTIONS IN: cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity; INVOLVED IN: lipid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: male gametophyte, sepal, carpel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase (InterPro:IPR003333); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclopropane fatty acid synthase, putative / CPA-FA synthase, putative (TAIR:AT3G23510.1); Has 5948 Blast hits to 4401 proteins in 639 species: Archae - 0; Bacteria - 2541; Metazoa - 5; Fungi - 55; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3263 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8414169-8415368)

`Genome position from initiation codon` `AT3G23470.1 TSS from cDNA TSS information AT3G23460.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G23460.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 8411579 -740

TSS peak G 8 + 8411761 -558

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	8411579	-740
TSS peak	`G`	8	+	8411761	-558

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGGTATT + 8411501 8411508 -818 -811

AtREG614 GGGGTATT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGGTATT`		+	8411501	8411508	-818	-811
	AtREG614	`GGGGTATT`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 8414678 AT3G23470.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	8414678	AT3G23470.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTGCTATATAAG + 8414642 8414653 AT3G23470.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTGCTATATAAG`	+	8414642	8414653	AT3G23470.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCCCATCATAAGCCCAT + 8414483 8414499 AT3G23470.1

AtREG635 GCCCATCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG462        ATAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426         TAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378          AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY