PlantPromoterDB promoter information of AT3G23570

Summary of Gene (AT3G23570)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G23570 TAIR NCBI
Gene model	AT3G23570
Description	dienelactone hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dienelactone hydrolase (InterPro:IPR002925); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dienelactone hydrolase family protein (TAIR:AT3G23600.1); Has 1112 Blast hits to 1111 proteins in 310 species: Archae - 6; Bacteria - 500; Metazoa - 56; Fungi - 325; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 95 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8460608-8459409)

`Genome position from initiation codon` `AT3G23570.1 TSS from cDNA TSS information AT3G23570 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G23580.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G23570

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 8459642 -34

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	8459642	-34

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8459686 -78

TSS clone A clone - 8459642 -34

TSS clone T clone - 8459640 -32

TSS clone T clone - 8459637 -29

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8459686	-78
TSS clone	`A`	clone	-	8459642	-34
TSS clone	`T`	clone	-	8459640	-32
TSS clone	`T`	clone	-	8459637	-29

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCACGTG - 8459760 8459767 -152 -159

AtREG541 CGCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CCCATTTA - 8459819 8459826 -211 -218

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCACGTG`		-	8459760	8459767	-152	-159
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CCCATTTA`		-	8459819	8459826	-211	-218
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 8460165 AT3G23580.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	8460165	AT3G23580.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 8460054 AT3G23580.1

TSS clone A clone + 8460106 AT3G23580.1

TSS clone G clone + 8460149 AT3G23580.1

TSS clone G clone + 8460170 AT3G23580.1

TSS clone A clone + 8460221 AT3G23580.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	8460054	AT3G23580.1
TSS clone	`A`	clone	+	8460106	AT3G23580.1
TSS clone	`G`	clone	+	8460149	AT3G23580.1
TSS clone	`G`	clone	+	8460170	AT3G23580.1
TSS clone	`A`	clone	+	8460221	AT3G23580.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None