version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G24120.2

Summary of Gene (AT3G24120.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G24120  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G24120.2  
Description myb family transcription factor; FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Myb-type HTH DNA-binding domain (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding region, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UNE16 (unfertilized embryo sac 16); transcription factor (TAIR:AT4G13640.2); Has 910 Blast hits to 901 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5; Fungi - 0; Plants - 897; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8703598-8702399)

Genome position     
from initiation codon
AT3G24093.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G24120.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G24100.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G24120.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-8708327-179

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-8708187-39
TSS cloneCclone-8708176-28
TSS cloneGclone-8708175-27

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTATAAACA-87083508708357-202-209
Y PatchTTCCTTCT-87083408708347-192-199
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCAATTGGG-87085938708600-445-452
 AtREG647CAATTGGG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakC4+8703276AT3G24100.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+8703286AT3G24100.1
TSS cloneTclone+8703288AT3G24100.1
TSS cloneTclone+8703292AT3G24100.1
TSS cloneTclone+8703295AT3G24100.1
TSS cloneCclone+8703296AT3G24100.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCCT+87032838703292AT3G24100.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCAAACCGGAT+87030658703075AT3G24100.1
 AtREG550CCAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496 CAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561   AACCGGAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAACCGAA+87030838703090AT3G24100.1
 AtREG568AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAAACCGGAAA+87031198703129AT3G24100.1
 AtREG542AAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 AAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534  AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644   ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTAAACCGAACC+87031438703154AT3G24100.1
 AtREG519GTAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.