PlantPromoterDB promoter information of AT3G24570.1

Summary of Gene (AT3G24570.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G24570 TAIR NCBI
Gene model	AT3G24570.1
Description	peroxisomal membrane 22 kDa family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, integral to membrane, peroxisomal membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mpv17/PMP22 (InterPro:IPR007248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal membrane 22 kDa family protein (TAIR:AT5G43140.1); Has 898 Blast hits to 898 proteins in 132 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 471; Fungi - 216; Plants - 153; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 8969530-8968331)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G24570.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G24580.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G24570.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 8968655 -125

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	8968655	-125

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCC - 8968606 8968614 -76 -84

Y Patch CCTCTTTCTTCT - 8968630 8968641 -100 -111

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCC`	-	8968606	8968614	-76	-84
Y Patch	`CCTCTTTCTTCT`	-	8968630	8968641	-100	-111
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAAGCCCAATG - 8968753 8968765 -223 -235

AtREG549 TAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG461      GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAATGGGCCGG - 8968784 8968795 -254 -265

AtREG396 TTAATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457     TGGGCCGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTTGACCC - 8968847 8968854 -317 -324

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAAGCCCAATG`		-	8968753	8968765	-223	-235
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAATGGGCCGG`		-	8968784	8968795	-254	-265
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTTGACCC`		-	8968847	8968854	-317	-324
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None